研究方向包括：1.温病治则的临床运用研究；2.脾胃湿热证量化标准研究；3.病证结合模式下运用疫病理论防治重大感染性疾病的研究。对湿热病证治规律，提出“脾胃湿热论”、“湿热致瘀论”等学术见解，特别是在消化系统疾病、重大感染性疾病方面有深入研究，对消化系统疾病在治疗本脏的基础上，提出五脏相关的理论，认为肝胃相关，肺肝相关，在临床治疗肝病中注重宣肺法、和胃法的运用，在温病治则方药的临床扩展运用方面有丰富经验。
吕文亮，医学博士、二级教授、博士生导师，历任湖北中医学院中医系副主任、主任，湖北中医药高等专科学校校长，现任湖北中医药大学校长，兼任世中联中医治未病专业委员会副会长、中华中医药学会仲景学术传承与创新联盟副理事长、湖北省中医药学会副会长。 主持十一五国家科技支撑计划“名老中医临床经验、学术思想传承研究”项目1项，参与国家973子课题2项。“清热祛湿三法对温病湿热证模型作用及其机理的对比研究” 被鉴定为湖北省重大科学技术成果；“清热化湿治法作用机理及临床应用研究”获首届湖北省中医药科技进步奖；“病证结合模式下慢性胃炎脾胃湿热证与血清胃泌素及HD感染的相关性探讨”获荆州市人民政府2013年度自然科学论文一等奖。公开发表论文60多篇，主编、编写《脾胃病证治精要》、《温病学》教学及辅导丛书、《叶天士经典医案赏析》、《温病条辩》精译等著作八部，共计约100万字。
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